Đầu năm 1592, tướng Nam triều là Trịnh Tùng mang đại quân ra bắc tấn công Thăng Long. Mạc Mậu Hợp cũng huy động đại quân ra địch, bị bại trận vào ngày giáp tết, phải bỏ kinh thành chạy qua sông Hồng. Do sông Hồng ngăn trở, quân Nam triều chưa qua sông được. Trịnh Tùng cũng thấy chưa đủ khả năng đánh chiếm miền Bắc nên lại rút về Thanh Hóa.

Mạc Mậu Hợp lại không lo phòng giữ, sa vào tửu sắc. Nguyễn Thị Niên thường ra vào trong cung thăm chị là hoàng hậu Nguyễn thị. Mậu Hợp thấy bà có nhan sắc, liền ngầm mưu dụ giết Bùi Văn Khuê để cướp lấy bà[1]. Nguyễn Thị Niên sợ hãi bèn sai người hầu cận mật chạy đi báo cho Bùi Văn Khuê.

Bùi Văn Khuê biết chuyện, bèn mang quân tự rút về Gia Viễn rồi sai con là Bùi Văn Nguyên chạy vào Thanh Hóa xin hàng nhà Lê. Trịnh Tùng nghe tin, bèn khởi binh ra cứu Bùi Văn Khuê nhân thể đánh nhà Mạc. Quân Mạc đại bại. Nguyễn Quyện cha bà cũng dự trận này và bị bắt, sau đó bị giết trong ngục cùng các anh em của Nguyễn Thị Niên[3]. Không lâu sau, Mạc Mậu Hợp bị Trịnh Tùng bắt và chém.

Trịnh Tùng rước vua Lê Thế Tông ra Thăng Long. Tuy nhiên nhiều nơi ở Bắc Bộ vẫn theo các tông thất họ Mạc.